¿Las carpetas son META-INF, OEBPS, y el archivo mimetype? Suena como si tal vez tu ipad podría no lo reconoce como un epub e intenta abrirlo como archivo comprimido (los epub, al igual que otros formatos como el docx, son archivos zip con un contenido definido por el formato).
Es raro. No tengo ningún dispositivo de Apple y no sé nada de iOS, tal vez sea algo de configuración, tal vez los archivos pierdan su extensión en alguna parte del proceso por eso y el sistema no los reconoce, o si confirmas que algunos libros específicos te dan problemas mientras que otros te funcionan bien, podría tener que revisarlos por mi lado.